Budujeme moderné, dynamické a autentické župné múzeum, ktoré bude akcentovať tradičné prvky dejín dnešného Bratislavského kraja – vinohradníctvo a vinárstvo v Pezinku a okolí, keramickú a habánsku tradíciu v Stupave a starobylosť života našich predkov v tejto oblasti na príklade lokality Svätého Jura – v tunajšom múzeu a budúcom archeoparku. Sme presvedčení, že kombináciou vedomostí, originality predmetov, interaktívno-zážitkovej prezentácie a dobrého marketingu, budeme rešpektovanou organizáciou v prostredí krajovej kultúry, ako aj turizmu.
Našou víziou je byť priestorom budúcnosti, aby sme súčasnej generácii mohli vedieť formou „divadla dejín“ atraktívne prezentovať našu históriu a kultúru, z ktorej vychádzame.
Okrem zbierania, ochraňovania a sprístupňovania zbierkových predmetov budeme vytvárať hodnotnú a zážitkovú alternatívu trávenia voľného času, aby bola vyhľadávaná domácimi aj zahraničnými návštevníkmi. Hlavným cieľom je podchytiť záujem, upútať zmysly a nechať odísť s pozitívnym pocitom.
Malokarpatské múzeum v Pezinku je od roku 2002 v zriaďovateľskej pôsobnosti Bratislavského samosprávneho kraja. V súčasnosti sú jeho pobočkami tri vysunuté organizácie: Literárne a vlastivedné múzeum vo Svätom Jure, Múzeum Ferdiša Kostku v Stupave a Synagóga v Senci.
Múzeum je členom Zväzu múzeí na Slovensku, členom Medzinárodnej rady múzeí -ICOM ako aj Oblastnej organizácie cestovného ruchu Malé Karpaty. Je držiteľom Osvedčenia o spôsobilosti vykonávať výskum a vývoj vydaného Ministerstvom školstva, výskumu, vývoja a mládeže Slovenskej republiky.
Našu víziu máme ambíciu napĺňať aj prostredníctvom prijatých hodnôt, graficky vyjadrených v logu Malokarpatského múzea – ako symbole hrozna. Sú to hodnoty, ktorými sa snažíme riadiť pri vykonávaní všetkých našich činností. Vizuálna identita vychádza zo základných farieb vína – zelenej, červenej a ružovej.